Sau 3 năm kể từ phần một, nay Thế Giới Số lại gặp biến cố mới. Một kẻ tự xưng là Digimon Kaiser xuất hiện với âm mưu thống trị Thế Giới Số. 3 đứa trẻ được tuyển chọn mới phải cùng hợp sức với 8 đứa trẻ được tuyển chọn cũ chống lại âm mưu của hắn.